Aplicación de PCR a partir de cultivo en la identificación de subespecies del complejo Mycobacterium Tuberculosis / The use of culture-based PCR for the identification of subspecies of the mycobacterium tuberculosis complex

Los métodos diagnósticos clásicos de tuberculosis (TB) se basan en la utilización de baciloscopía y cultivo. La identificación del agente etiológico desde la positivización del cultivo requiere entre 10 y 15 días, mientras que el empleo de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) disminuye el tiempo a 24 h, lo que permite no solo identificar las subespecies del complejo Mycobacterium tuberculosis (CMTB) sino también diferenciarlas de otras especies ambientales clínicamente importantes (MOTT) facilitando el diagnóstico y tratamiento. El objetivo del presente trabajo fue determinar la utilidad de la PCR en la identificación temprana de las micobacterias pertenecientes al CMTB, a partir de cultivos positivos, de pacientes con sospecha de TB, atendidos en un hospital pediátrico de alta complejidad, durante un período de cuatro años. A cada muestra, se le realizó baciloscopía y cultivo en medio líquido. A los cultivos positivos, una inmunocromatografía lateral (TBIDR) y luego PCR. El 4,6% del total de muestras (510/11.162) pertenecientes a 198 pacientes presentó cultivos positivos. Cuatrocientos veintiseis (84%) correspondieron a muestras respiratorias. El rendimiento de la baciloscopía directa fue del 41% (194/470). Cuatrocientos treinta y ocho (86%) resultaron M. tuberculosis, 21 (4%) Mycobacterium bovis, 7 (1%), M. bovis-BCG y 44 (9%) MOTT. La utilización de medios de cultivos líquidos junto con el empleo de PCR favorecen una rápida orientación microbiológica y constituye una estrategia útil para optimizar el manejo clínico de estas infecciones, desde el punto de vista terapéutico y epidemiológico, especialmente en pediatría (AU)

Classical diagnostic methods for tuberculosis (TB) are based on the use of smear microscopy and culture. The identification of the etiological agent from positive culture requires 10 to 15 days, while the use of the polymerase chain reaction (PCR) reduces the time to 24 h, which allows not only to identify the subspecies of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) but also to differentiate them from clinically important environmental mycobacteria other than tuberculosis (MOTT), facilitating diagnosis and treatment. The aim of this study was to determine the usefulness of PCR in the early identification of mycobacteria belonging to the MTC, from positive cultures of patients with suspected TB seen in a pediatric tertiary hospital over a 4-year period. For each sample, smear microscopy and culture in liquid medium was performed. Positive cultures were subjected to lateral immunochromatography (TBIDR) and then PCR. Of the total number of samples (510/11,162) belonging to 198 patients, 4.6% showed positive cultures; 426 (84%) were respiratory samples. The direct smear microscopy yield was 41% (194/470). Overall, 438 (86%) were found to be M. tuberculosis, 21 (4%) Mycobacterium bovis, 7 (1%), M. bovis-BCG, and 44 (9%) MOTT. The use of liquid culture media together with the use of PCR favors a rapid microbiological orientation and is a useful strategy to optimize the clinical management of these infections, from a therapeutic and epidemiological point of view, especially in children (AU)

Evidencia morfológica de hibridación entre las subespecies de Ramphocelus flammigerus (Passeriformes: Thraupidae) en Colombia / Morphological evidence of hybridization between Ramphocelus flammigerus subspecies (Passeriformes: Thraupidae) in Colombia

Morphological evidence of hybridization between Ramphocelus flammigerus subspecies (Passeriformes: Thraupidae) in Colombia. Habitat modifications such as deforestation and the increase of agricultural activities, have led to uncommon faunal interactions. In Colombia, this condition have caused the secondary contact of subspecies of Ramphocelus flammigerus populations from Cauca valley and the Pacific coast; and some specimens with rumps of intermediate colors of the subspecies have been found and are thought as hybrids. The objective of this study was to assess the presence of morphological evidence that may suggest hybridization and may explain the origin of individuals with intermediate coloration. We predict that if subspecies hybridize, they will be more similar in morphology when coexisting than when separated. Alternatively, coexisting subspecies might diverge in sympatry, because of selection to reduce competition for resources (character displacement). For this, a survey in 15 localities was undertaken: 10 allopatric areas (five for each subspecies), and five sympatric areas. Mist nets were used to capture individuals and a total of seven morphological characters were measured. To identify the patterns of morphological variation, we compared morphology of subspecies, sympatric and allopatric populations and individuals of intermediate colors. Consequently, we performed discriminant analysis and test for differences between groups by using 95% confidence intervals for log-ratio tests. A total of 112 individuals were captured (46 intermediate-colored individuals, 20 R. f. flammigerus, and 46 R. f. icteronotus. Discriminant analyses showed that subspecies were well differentiated, and intermediate individuals overlapped with them. Log-ratio test, based on Mahalanobis distances, showed that intermediate individuals were morphologically more similar to both subspecies than subspecies themselves. In addition, log-ratio tests showed that subspecies sympatric populations were similar but allopatric ones were different, and that individuals of intermediate colors were more similar to sympatric than to allopatric populations of the two subspecies. Therefore, morphological evidence supports the predictions of a hybridization hypothesis among the subspecies of R. flammigerus. In conclusion, the analysis of morphological variation in R. flammigerus suggests that hybridization between subspecies is occurring and that a process of genetic introgression is probably in progress.

Las modificaciones de los hábitats naturales, tales como la deforestación y el incremento de las actividades agrícolas, han conducido a interacciones faunísticas inusuales. En Colombia, esta situación ha generado el contacto secundario entre las poblaciones de las subespecies de Ramphocelus flammigerus del Valle del Cauca y de la costa Pacífica; y se han encontrado individuos con rabadillas de colores intermedios entre las subespecies que se han catalogado como híbridos. El objetivo del presente estudio fue evaluar si existe evidencia morfológica que sugiera hibridación y que pueda explicar el origen de los individuos de coloración intermedia. Con este fin, se obtuvieron muestras de 15 localidades; 10 zonas alopátricas (cinco por cada subespecie) y cinco zonas simpátricas. Para la captura de individuos se utilizaron redes de niebla y fueron tomados siete caracteres morfológicos. Asimismo, se predijo que si las subespecies están hibridando, las mismas, podrían ser morfológicamente más similares cuando coexisten que cuando se encuentran separadas. Alternativamente, cuando las subespecies coexisten, éstas pueden divergir en simpatría debido a presiones selectivas para reducir la competencia por recursos (desplazamiento de caracteres). Para identificar los patrones de variación morfológica, se comparó la morfología de las subespecies, de poblaciones simpátricas y alopátricas de ambas subespecies y de los individuos de cloración intermedia. Consecuentemente, se realizó un análisis discriminante y se evaluaron las diferencias entre los grupos con la utilización de intervalos de confianza del 95% para las relaciones logarítmicas. Y se capturaron un total de 112 individuos (46 de coloraciones intermedias, 20 R. f. flammigerus y 46 R. f. icteronotus). Los análisis discriminantes mostraron que las subespecies se diferencian entre ellas y que los individuos de coloraciones intermedias se traslapan con estas. Las relaciones logarítmicas, basadas en las distancias cuadradas de Mahalanobis, mostraron que los individuos intermedios fueron más similares morfológicamente a ambas subespecies que las subespecies entre ellas. Adicionalmente, se encontró que las poblaciones simpátricas de ambas subespecies son similares pero las poblaciones alopátricas son diferentes, y que los individuos de coloraciones intermedias son más similares a las poblaciones simpátricas de las dos subespecies que a las alopátricas. Por lo tanto, la evidencia morfológica evidencia las predicciones derivadas de la hipótesis de hibridación entre las subespecies de R. flammigerus. En conclusión, el análisis morfológico de la variación en R. flammigerus sugiere que se presenta hibridación entre las subespecies y que probablemente está en progreso un proceso de introgresión genética.

La polilla Copitarsia decolora: revisión del complejo de especies con base en la morfología genital masculina y de los huevos (Lepidoptera: Noctuidae)

The moth Copitarsia decolora: a review of the species complex based on egg and male genital morphology (Lepidoptera: Noctuidae). Copitarsia decolora is a widely distributed polyphagous species with a large number of nominal changes due to phenotypic plasticity. We reviewed 14 males from Mexico, Colombia, Venezuela, Peru and Chile and the literature produced between 2003 and 2008. An analysis of the clasper complex of C. decolora male genitalia was performed by standard dissection. Scanning electron microscope (SEM) photographs of eggs structures were used as taxonomic characters. The genus Copitarsia comprises 23 species. C. corruda is considered a synonym of C. decolora. Rev. Biol. Trop. 58 (2): 769-776. Epub 2010 June 02.

Copitarsia decolora es una especie polífaga ampliamente distribuida con un gran número de cambios nominales debido a su plasticidad fenotípica. Examinamos 14 machos de México, Colombia, Venezuela, Perú y Chile y revisamos la literatura producida entre 2003 y 2008. Realizamos un análisis del clasper (digitus) de los órganos genitales masculinos del complejo de C. decolora mediante una disección estándar. Utilizamos fotografías de microscopio electrónico de barrido (SEM) del corion de los huevos como carácter taxonómico. El género Copitarsia queda compuesto por 23 especies. C. corruda se considera un sinónimo de C. decolora (Guenée).

Variación geográfica del zorro Lycalopex culpaeus (Mammalia, Canidae) en Chile: implicaciones taxonómicas

Geographic variation of the fox Lycalopex culpaeus (Mammalia, Canidae) in Chile: taxonomic implications. We studied the geographic variation of skulls of Lycalopex culpaeus using qualitative and quantative analyses. The sampling area covered Chile, from its northern portion, to Tierra del Fuego and the neighbouring Hoste island, as well as part of Argentina. Five subespecies are currently recognized from this large area. We found two morphotypes that are segregated geographically. Both groups mostly differ by morphometric attributes, followed by qualitative features. Specimens from northern Chile (Tarapacá and Antofagasta) have small skulls, short rostrum, a liriform sagital zone, and lack the interparietal crest. The second group is formed by specimens from north-western and central Argentina, central-south Chile, Patagonia, and the austral islands of Tierra del Fuego and Hoste. This group presents a strong sagital crest, large rostrum, and a large skull. Our results agree with observed patterns of mitochondrial DNA variation. We propose to retain the name L. c. andinus for the populations of northern Chile and to synonymize L. c. magellanicus, L. c. lycoides, and L. c. smithersi under L. c. culpaeus. Rev. Biol. Trop. 57 (1-2): 421-432. Epub 2009 June 30.

Mediante análisis cualitativos y cuantitativos, se estudió la variación geográfica del cráneo de Lycalopex culpaeus en Chile (desde Tarapacá a la islas australes), y de algunas poblaciones argentinas. En dicha distribución se reconocen cinco de las seis subespecies del culpeo. Los resultados muestran dos grupos morfológicos geográficamente segregados; los mismos se diferencian principalmente por atributos morfométricos, y secundariamente por caracteres cualitativos. individuos del norte chileno (Tarapacá y Antofagasta) presentan cráneos pequeños, poco desarrollados, hocico levemente corto, ausencia de cresta interparietal y una tenue zona sagital "liriforme". Por otra parte, los individuos del noroeste y centro argentino, centro sur chileno, Patagonia e islas australes (islas de Tierra del Fuego y Hoste) (grupo B), no muestran diferencias significativas en su morfometría dento-craneal. En el grupo B destacó una fuerte cresta interparietal y zona sagital, hocicos prolongados y cráneos de mayor tamaño que los del norte chileno. Nuestros resultados coinciden con estudios de patrones de variación en el ADN mitocondrial de cánidos de Chile. Por lo tanto, se propone mantener el nombre L. c. andinus para las poblaciones del norte de Chile y sinonimizar los taxones L. c. magellanicus, L. c. lycoides y L. c. smithersi bajo la forma L. c. culpaeus.

Conservation genetics of the giant otter (Pteronura brasiliensis (Zimmerman, 1780)) (Carnivora, Mustelidae)

The giant otter (Pteronura brasiliensis) is an aquatic mammal of the Mustelidae family, endemic to South America. Its original distribution corresponds to the region from the Guyanas to Central-North Argentina, but it is extinct or on the verge of extinction in most of its historical range. Currently, the species is considered endangered by the World Conservation Union (IUCN). Based on its geographic distribution in the South American continent and on some morphological characters, two subspecies were suggested: P. brasiliensis brasiliensis, occurring in the Amazon and Orinoco River Basins, and P. brasiliensis paranensis, in the Paraná and Paraguai River Basins. However, there is no consensus on assuming this subspecies division and no detailed studies have been carried out to elucidate this question. This study aims to evaluate the genetic diversity and population structure of Pteronura brasiliensis along its range in Brazil to check the possibility of the existence of two distinct subspecies using also a reciprocal monophyly criterion. We analyzed the control region, and the Cytochrome b and Cytochrome c Oxidase subunit I genes of the mitochondrial DNA in several giant otter populations from the Amazon and Paraguai River Basins. Analyses have indicated some degree of geographic correlation and a high level of inter-population divergence, although the subspecies division is not highly supported. As we observed strong population structure, we cannot rule out the existence of further divisions shaping the species distribution. The results suggest that a more complex population structure occurs in P. brasiliensis, and the conservation practice should concentrate on preserving all remaining local populations.

A ariranha (Pteronura brasiliensis) é um mamífero aquático da família Mustelidae, endêmico da América do Sul. Sua distribuição original se estendia desde as Guianas até o centro-norte da Argentina, mas está extinta ou à beira da extinção na maior parte de sua distribuição histórica. Atualmente a espécie é considerada como ameaçada de extinção pela World Conservation Union (IUCN). Em função de sua distribuição no continente sul-americano e de algumas características morfológicas, duas subespécies foram sugeridas: P. brasiliensis brasiliensis, com ocorrência nas bacias do Amazonas e Orinoco, e P. brasiliensis paranensis, ocorrendo nas bacias dos Rios Paraná e Paraguai. Inexiste, contudo, um consenso sobre a validade da divisão em subespécies e nenhum estudo detalhado foi realizado para elucidar esta questão. Este trabalho tem o objetivo de avaliar a diversidade genética e a estrutura populacional de P. brasiliensis ao longo de sua distribuição no Brasil para verificar a existência de duas subespécies baseando-se também em um critério de monofilia recíproca. A região controle e os genes do Citocromo b e da Subunidade I da Citocromo c Oxidase do DNA mitocondrial foram analisados em diversas populações de ariranha que ocorrem nas bacias dos rios Amazonas e Paraguai. As análises indicaram um grau moderado de correlação geográfica e um alto nível de divergência inter-populacional, embora a divisão em subespécies não seja bem sustentada. Como uma forte estruturação populacional foi observada, não é possível descartar a existência de outras subdivisões nesta espécie. Os resultados indicam a presença de uma estrutura populacional mais complexa em P. brasiliensis, o que implica que medidas de conservação deveriam concentrar seus esforços preservando todas as populações locais remanescentes.

Conservation genetics of the giant otter (Pteronura brasiliensis (Zimmerman, 1780)) (Carnivora, Mustelidae)

The giant otter (Pteronura brasiliensis) is an aquatic mammal of the Mustelidae family, endemic to South America. Its original distribution corresponds to the region from the Guyanas to Central-North Argentina, but it is extinct or on the verge of extinction in most of its historical range. Currently, the species is considered endangered by the World Conservation Union (IUCN). Based on its geographic distribution in the South American continent and on some morphological characters, two subspecies were suggested: P. brasiliensis brasiliensis, occurring in the Amazon and Orinoco River Basins, and P. brasiliensis paranensis, in the Paraná and Paraguai River Basins. However, there is no consensus on assuming this subspecies division and no detailed studies have been carried out to elucidate this question. This study aims to evaluate the genetic diversity and population structure of Pteronura brasiliensis along its range in Brazil to check the possibility of the existence of two distinct subspecies using also a reciprocal monophyly criterion. We analyzed the control region, and the Cytochrome b and Cytochrome c Oxidase subunit I genes of the mitochondrial DNA in several giant otter populations from the Amazon and Paraguai River Basins. Analyses have indicated some degree of geographic correlation and a high level of inter-population divergence, although the subspecies division is not highly supported. As we observed strong population structure, we cannot rule out the existence of further divisions shaping the species distribution. The results suggest that a more complex population structure occurs in P. brasiliensis, and the conservation practice should concentrate on preserving all remaining local populations.

A ariranha (Pteronura brasiliensis) é um mamífero aquático da família Mustelidae, endêmico da América do Sul. Sua distribuição original se estendia desde as Guianas até o centro-norte da Argentina, mas está extinta ou à beira da extinção na maior parte de sua distribuição histórica. Atualmente a espécie é considerada como ameaçada de extinção pela World Conservation Union (IUCN). Em função de sua distribuição no continente sul-americano e de algumas características morfológicas, duas subespécies foram sugeridas: P. brasiliensis brasiliensis, com ocorrência nas bacias do Amazonas e Orinoco, e P. brasiliensis paranensis, ocorrendo nas bacias dos Rios Paraná e Paraguai. Inexiste, contudo, um consenso sobre a validade da divisão em subespécies e nenhum estudo detalhado foi realizado para elucidar esta questão. Este trabalho tem o objetivo de avaliar a diversidade genética e a estrutura populacional de P. brasiliensis ao longo de sua distribuição no Brasil para verificar a existência de duas subespécies baseando-se também em um critério de monofilia recíproca. A região controle e os genes do Citocromo b e da Subunidade I da Citocromo c Oxidase do DNA mitocondrial foram analisados em diversas populações de ariranha que ocorrem nas bacias dos rios Amazonas e Paraguai. As análises indicaram um grau moderado de correlação geográfica e um alto nível de divergência inter-populacional, embora a divisão em subespécies não seja bem sustentada. Como uma forte estruturação populacional foi observada, não é possível descartar a existência de outras subdivisões nesta espécie. Os resultados indicam a presença de uma estrutura populacional mais complexa em P. brasiliensis, o que implica que medidas de conservação deveriam concentrar seus esforços preservando todas as populações locais remanescentes.

Revision of the butterfly genus Forsterinaria Gray, 1973 (Lepidoptera: Nymphalidae, Satyrinae)

A taxonomic review of the Neotropical satyrine butterfly genus Forsterinaria Gray is presented herein, including a discussion of the classification and geographical distribution of its component species, illustrations of the adults of all taxa and the male genitalia of all species, and descriptions of 12 new species and two new subspecies: Forsterinaria antje sp. n., F. coipa sp. n., F. enjuerma sp. n., F. falcata sp. n., F. guaniloi sp. n., F. itatiaia sp. n., F. pallida sp. n., F. pallida aurita ssp. n., F. pichita sp. n., F. pilosa sp. n., F. punctata sp. n., F. pyrczi sp. n., F. rotunda sp. n., and F. rustica glendita ssp. n. Euptychia stelligera Butler, and E. fabiana Butler are sunk as synonyms (syn. n.) of Forsterinaria quantius (Godart). Euptychia magdalena Hayward, and E. pseudonecys Strand are sunk as synonyms (syn. n.) of F. inornata (C. Felder & R. Felder), and F. necys (Godart), respectively. Lectotypes are designated for 14 nominal taxa. A total of 23 species are recognized. A key for the identification of all taxa is presented.

Se presenta una revisión taxonómica de las mariposas satírinas neotropicales incluidas en el género Forsterinaria Gray, 1973, comprendiendo una discusión de la clasificación y distribución geográfica de sus especies componentes, ilustraciones de los adultos de todos los taxones y de sus genitalias masculinas, así como descripciones de 12 especies y dos subespecies nuevas: Forsterinaria antje sp. n., F. coipa sp. n., F. enjuerma sp. n., F. falcata sp. n., F. guaniloi sp. n., F. itatiaia sp. n., F. pallida sp. n., F. pallida aurita ssp. n., F. pichita sp. n., F. pilosa sp. n., F. punctata sp. n., F. pyrczi sp. n., F. rotunda sp. n. y F. rustica glendita ssp. n. Euptychia stelligera Butler y E. fabiana Butler son considerados sinónimos (syn. n.) de Forsterinaria quantius (Godart). Euptychia magdalena Hayward y E. pseudonecys Strand son considerados sinónimos (syn. n.) de F. inornata (C. Felder & R. Felder) y F. necys (Godart), respectivamente. Se designa lectotipos para 14 taxones nominales. Se reconoce un total de 23 especies. Se ofrece una clave para la identificación de todos los taxones.